Родился в Женеве в 1655 году.
Происходил из семьи женевского торговца Жака Лефорта.
Отец отправил 8-го по счету ребенка учиться сначала в женевский коллегиум, а затем в Марсель для постижения основ коммерческой деятельности.
Между тем торговля пришлась не по душе молодому человеку, который грезил карьерой военного.

По возвращении в Женеву Франц Лефорт решил начать военную службу в свите курляндского герцога Фридриха-Казимира и вопреки воле отца уехал в Голландию на войну.
Там он принял участие в сражениях и получил ранение.
В 1674 году, когда голландская война закончилась, молодой женевец остался без средств.
Набиравший военных специалистов на службу русскому царю полковник Яков ван Фростен уговорил храбреца поехать в Московию.

В  1675 году Франц Лефорт вместе с отрядом голландских наемников оказался в Архангельске, затем жил в Немецкой слободе в Москве. На русскую службу в чине капитана его приняли только через 3 года.
Долгое время женевец служил под началом боярина князя Василия Васильевича Голицына, участвуя в боевых действиях против крымских татар.
За участие в Крымском походе 1689 года он получил чин полковника и награду.

Тогда же Франц Лефорт вместе с генералом Патриком Гордоном встал на сторону царя Петра Алексеевича в его конфликте с сестрой царевной Софьей.
После этого он сблизился с молодым государем. Посещая Немецкую слободу, Петр часто гостил в доме Лефорта и щедро одаривал его деньгами.
В 1691 году Ф. Сенебье так описывал положение своего дяди Лефорта: «Его царское величество очень его любит и ценит его выше, чем какого-либо другого иноземца.
Его чрезвычайно любит также вся знать и все иностранцы.
При дворе только и говорят о его величестве и о Лефорте.

Они неразлучны.
Его величество часто посещает его и 2 или 3 раза в неделю у него обедает.
Оба они одинаково высокого роста с тою разницею, что его величество немного выше и не так силен, как генерал.
Это —монарх 20 лет, у которого есть уже 2 принца.
Он часто появляется во французском платье, подобно г. Лефорту. Последний в такой высокой милости у его величества, что имеет при дворе великую силу.
Он оказал большие заслуги и обладает выдающимися качествами».

Дружба с царем способствовала быстрой карьере Франца Лефорта.
В 1691 году его произвели в генерал-лейтенанты, в 1693 году — в полные генералы.
Он участвовал в организации сначала потешных полков, а затем учебных маневров на Плещеевым озере (1692) и под деревней Кожухово (1694).
В 1693–1694 годах сопровождал царя в его путешествиях в Архангельск и на Белое море.
В то же время занимался наймом на российскую службу военных и морских специалистов из Европы.
Лефорт блестяще показал себя во время Азовских походов 1695–1696 годов.

При первом неудачном штурме Азова он командовал корпусом и лично захватил одно из турецких знамен.
После этого Петр сделал своего сподвижника адмиралом, надеясь на то, ему удастся в короткие сроки построить в Воронеже военную флотилию.
Франц Лефорт оправдал ожидания царя, хотя и был малосведущ в морском деле.
Построенные под его руководством суда сыграли ключевую роль в блокаде и взятии турецкой крепости в июле 1696 года. За выдающиеся заслуги Петр пожаловал любимца титулом новгородского наместника, земельными владениями, золотой наградой и собольей шубой.

Идея отправиться в заграничное путешествие могла возникнуть у Петра под влиянием Франца Лефорта.
Царь назначил своего друга «первым великим и полномочным послом», т.е. формальным руководителем Великого посольства, так как сам ехал инкогнито, под именем урядника Петра Михайлова.
Лефорту определили свиту из 14 человек и жалование 3 920 рублей.
Между тем его настоящая роль сводилась главным образом к участию в церемониях, ведению официальной переписки и переводу речей государя во время дипломатических встреч и переговоров.
Фактически экспедицией руководил сам государь, а решением важных административных вопросов занимался второй посол Федор Алексеевич Головин.

Голландия более других европейских государств привлекала к себе внимание Петра.
Служивший там в 1670-х годы Лефорт, безусловно, поддерживал интерес царя к этой стране.
Более того, семья Лефортов поддерживала тесные сношения с амстердамским бургомистром Николаасом Витсеном, весьма заинтересованным в торговле с Россией.
Пока государь пребывал в Англии в начале 1698 года, первый посол вел дипломатические переговоры с Генеральными штатами Нидерландов о союзе против Турции и информировал обо всем своего царственного покровителя и друга.

Женевец писал Петру письма на русском языке, но написанные латинскими буквами, весьма трогательного содержания: «Господин коммандер! Ад твоя милость не бевали письме ис Англески земля. Пужалест, пиши нам про своя здорова и как вы веселити; а я радусь буду, если вам доброй».

Летом 1698 года, после известия о стрелецком бунте, Франц Лефорт вместе с Петром спешно вернулся в Россию.
Здесь он занимался преимущественно обустройством своего дворца на Яузе, только что выстроенного архитектором Д.В. Аксамитовым.
В Лефортовском дворце Петр со свитой часто веселился.
После празднования новоселья Франц Лефорт заболел горячкой и 12 марта 1699 года скончался.

Его скорая смерть очень расстроила царя, который якобы сказал приближенным: «Уже я верного человека не имею, сей один был верен, на которого я полагаться мог».
Или по другой версии: «Я потерял лучшего моего друга и притом в то время, когда он мне наиболее нужен».

Гугл решил что я в Лефортово, и даже основания на то нашел!