1997 и 2000 годы: Клуб дважды достигает своей наивысшей точки в истории — занимает 6-е место в Высшем дивизионе России. В Новороссийске команда обретает статус «грозы авторитетов», а стадион «Центральный» на берегу моря становится неприступной крепостью для столичных грандов.

Осень 2001 года (Еврокубки): благодаря успеху в чемпионате, «Черноморец» дебютирует в Кубке УЕФА (1/64 финала). Жребий сводит новороссийцев с великой «Валенсией» (действующим на тот момент финалистом Лиги Чемпионов). Домашний матч уступает испанцам со счетом 0:1, а гостевой на «Месталье» завершается 5:0 в пользу фаворитов.

После вылета из Премьер-лиги в 2003 году клуб столкнулся с затяжным кризисом. Из-за финансовых проблем команда регулярно перемещалась между Первым и Вторым дивизионами, переживала банкротства и смену юридических лиц. В сезоне 2022/23 клуб триумфально вернулся в Первую лигу, подарив городу новую надежду. Однако летом 2026 года из-за серьезного дефицита бюджета команда не смогла пройти обязательное финансовое лицензирование РФС на следующий сезон, что привело к потере профессионального статуса.