Сегодня всё чаще говорят о том, что развитие искусственного интеллекта потребует огромного количества энергии. Одновременно растёт интерес к альтернативным источникам энергии и новым технологиям.
А что, если один из неожиданных вариантов скрывается в самой природе — в молекуле ДНК?
Обычно ДНК воспринимают прежде всего как носитель наследственной информации. Но её структура гораздо сложнее. В частности, комплементарные основания ДНК имеют интересную особенность: в парах аденин–тимин и гуанин–цитозин суммарное количество электронов составляет 134 электрона.
При определённых процессах, связанных с изменением и последующим восстановлением структуры ДНК, возможно высвобождение энергии.
Пока это именно гипотеза, а не готовая технология. Но природа иногда подсказывает неожиданные решения.
Если ДНК действительно способна участвовать в процессах накопления или высвобождения энергии, возможно, когда-нибудь мы научимся использовать это свойство практически.
А что, если один из будущих источников энергии окажется намного ближе, чем мы думаем, — внутри самой живой клетки?
Наш ролик об эффекте Мпембы вызвал бурную дискуссию у читателей поста. Некоторые комментаторы не удержались от проявлений ничем не обоснованного недоброжелательства к нам как авторам ролика - такой горячей оказалась тема. Поэтому мы решили её продолжить, рассказав дополнительную информацию об Эрасто Мпемба и проверках его эффекта.
Начнём с самого Мпембы. Он родился в 1950 году и умер в 2023-м. То есть свой эффект он открыл в тринадцатилетнем возрасте. При этом физиком становиться не собирался - хотел выучиться на врача. Но на обучение медицине у него не было денег. Зато он сумел получить стипендию для обучения в колледже дикой природы Африки и закончил его. Работал в Министерстве природных ресурсов и туризма Танзании, ушел на пенсию в 2011 году. Что интересно, в его семье все-таки был врач: его жена. Кем стали его дети, публичной информации нет.
Эффект Мпебы проверяли неоднократно и профессионалы, и любители - и в России, и за рубежом. Например, журнал "Химия и жизнь" в 2014 году предложил своим читателям проверить этот эффект и пообещал опубликовать результаты. Сколько читателей сделали проверку эффекта Мпембы, неизвестно. Журнал опубликовал результаты трех опытов любителей научпопа, которые не смогли повторить эффект. Правда, опыты проводились не так, как это делал Мпемба. Тут важны детали. И в прошлом году журнал "Химия и жизнь" поделился информацией о том, что канадские ученые не просто подтвердили и описали эффект Мпембы как научный факт, но дали ему научное объяснение.
Причиной эффекта являются свойства воды: она как химическое вещество находится в динамическом равновесии между флуктуациями двух её структурных форм, различающихся степенью упорядочения в расположении молекул. Флуктуации существуют вплоть до температуры кипения, однако при приближении к точке замерзания их мощность усиливается. Из флуктуаций формируются кластеры молекул, которые затем становятся льдом. Причина возникновения этих флуктуаций — водородные связи.
То есть вода состоит не из свободных одиночных молекул, а представляет собой смесь свободной воды и воды, связанной в различные структуры. У свободных молекул внутренняя энергия повышена, что позволяет им выходить в газовую среду при испарении.
Если вода горячая, то свободные молекулы обладают большой энергией, они интенсивно покидают сосуд и улетают в виде пара тем быстрее, чем больше разница температур молекулы и окружающей среды. Тем самым они не отдают энергию формирующимся кластерам льда, а, наоборот, уносят ее. А если вода холодная, то в ней нет таких энергичных свободных молекул: их охлаждение идет через нагрев кластеров льда, что замедляет затвердевание. Значит, обязательное условие эффекта Мпембы - энергичные молекулы должны как можно быстрее покинуть сосуд с остывающей водой и унести с собой энергию, мешающую образованию льда.
Эффект Мпембы возможен только для открытых систем, в которых нет препятствий для испарения. И важно, что посуда, в которой замораживают воду при проведении опыта, должна быть низкой и широкой, чтобы энергичные молекулы легко уходили через большую поверхность воды. В узких сосудах эффекта не будет: горячие молекулы, не имея выхода, станут нагревать кластеры льда и таким образом замедлять их образование и слияние в монолит.
Научность эффекта Мпембы подтверждают и другие исследования. Например, это. Физики из университетов Японии приводят в своей статье строгое количественное описание эффекта Мпембы, основанное на теории термомажоризации, которое они назвали эффектом термомажоризации Мпембы. Они утверждают, что их подход устраняет все существующие неясности и демонстрирует универсальность эффекта термомажоризации Мпембы для марковских процессов, строго доказывая, что он может проявляться при любой температуре с фиксированными уровнями энергии.
Оказывается, есть и такое в ДНК. Так что же это за закономерность?
Для этого нужно внимательно посмотреть на структуру ДНК и понять, почему она так ровно закручена вокруг своей оси.
Всё оказывается просто. Для этого надо подсчитать количество электронов в каждой комплементарной паре, которые, как нам известно, состоят из двух азотистых оснований. Причём аденин соединён с тимином двумя водородными связями, а гуанин соединён с цитозином тремя водородными связями.
У тимина (C₅H₆N₂O₂ — 66) суммарное количество электронов в ДНК — 65, у комплементарного основания аденина (C₅H₅N₅ — 70) — 69, у цитозина (C₄H₅N₃O — 58) в молекуле — 57, у гуанина (C₅H₅N₅O — 78) в ДНК — 77.
Комплементарные пары:
Аденин + тимин = 69 + 65 = 134
Гуанин + цитозин = 77 + 57 = 134
Таким образом, комплементарность азотистых оснований в ДНК, в том числе, определяется суммарным количеством электронов в парах. Это число — 134.
Великий Пифагор говорил: «Числа правят миром». И в этом случае он оказался как никогда прав!
Биосинтез белка- это многостадийный процесс синтеза и созревания белков, протекающий в живых организмах.
Биосинтез белка проходит в три этапа: транскрипция, трансляция и посттрансляционные модификации.
Далее будет приведено описание этих этапов у эукариот.
Транскрипция (от лат. Transcriptio- переписывание)- процесс синтеза РНК на матрице ДНК. Транскрипция катализируется ферментом ДНК-зависимой РНК-полимеразой.
Транскрипция состоит из стадий инициации, элонгации и терминации.
Во время инициации ДНК-зависимая РНК-полимераза связывается с промотором (последовательность нуклеотидов ДНК, которая является стартовой площадкой для начала транскрипции), образуя закрытый комплекс. Внутри него находится двойной винт ДНК. Далее на расстоянии около 13 пар нуклеотидов от точки старта цепи ДНК расходятся друг от друга. Образуется открытый комплекс с транскрипционным пузырём. Разделение открывает доступ к некодирующей цепочке ДНК. Первые два рибонуклеотида (нуклеотиды РНК) выравниваются и соединяются с шаблонной ДНК по принципу комплементарности (нуклеотид с азотистым основанием аденин соединяется с урацилом, гуанин с цитозином). Часто при соединении первых десяти нуклеотидов транскрипция обрывается, короткий продукт высвобождается и синтез начинается заново. Этот этап называется абортивной транскрипцией. Вскоре полимеразно-промоторный комплекс образует транскрипт длиннее 10 нуклеотидов, который будет достаточно стабильным, чтобы продолжать транскрипцию. Начинается элонгация.
На стадии элонгации в ДНК расплетено 18 пар нуклеотидов. Примерно 12 нуклеотидов образует гибридный винт с растущим концом цепи РНК. По мере движения РНК-полимеразы по матрице впереди неё двойной винт расплетается, а позади- восстанавливается. Одновременно освобождается очередное звено растущей цепи РНК из комплекса с матрицей и РНК-полимеразой.
На этапе терминации фермент разрезает РНК, завершая транскрипцию, а затем диссоциирует (распадается).
Получившаяся РНК называется матричной (мРНК, или информационной (иРНК)).
Очень упрощённая схема транскрипции.
2.Трансляция (от лат. Translatio- перенос, перемещение)- процесс синтеза белка из аминокислот на матрице иРНК.
Трансляция осуществляется рибосомами (немембранные органеллы всех живых клеток, рибонуклеопротеидные комплексы (состоят из рибосомальной РНК и белка), состоящие из большой и малой субъединиц). Синтез происходит в шероховатой эндоплазматической сети (органелла, представляющая собой разветвлённую систему из окружённых мембраной уплотнённых полостей, пузырьков и канальцев) и гиалоплазме (основное прозрачное вещество цитоплазмы (внутренняя среда клетки, кроме ядра и вакуолей)).
Трансляция тоже состоит из этапов инициации, элонгации и терминации.
Во время инициации вокруг старт-кодона AUG (аденин, гуанин, цитозин) (кодон- единица генетического кода, состоящая из трёх нуклеотидных остатков (триплет) в ДНК и РНК, которая обычно кодирует включение одной аминокислоты) из большой и малой субъединиц образуется рибосома. К старт-кодону присоединяется транспортная РНК (тРНК) вместе с аминокислотой метионином (M)(C5H11NO2S).
На этапе элонгации аминоацил-тРНК (то есть соединённая с аминокислотой) узнаёт соответствующий ей текущий кодон с помощью своего антикодона. К концу растущей полипептидной (белковой) цепи присоединяется аминокислота. Далее рибосома продвигается вдоль матрицы, высвобождая тРНК. Свободная молекула тРНК аминоацилируется (то есть соединяется с аминокислотой) соответствующей ей аминоацил-тРНК-синтетазой (фермент). Получившаяся аминоацил-тРНК снова присоединяется к мРНК. Рибосома движется по молекуле мРНК до стоп-кодона (UAG, UAA, UGA).
Во время терминации рибосома узнаёт стоп-кодон, отсоединяет новосинтезированный белок и диссоциирует. Иногда старт-кодон и стоп-кодон находятся так близко, что рибосома начинает трансляцию заново.
Упрощённая схема трансляции.
3. Посттрансляционная модификация- это ковалентная химическая модификация белка после его синтеза на рибосоме. Это завершающий этап биосинтеза многих белков, который в свою очередь является частью процесса экспрессии генов (преобразование наследственной информации в функциональный продукт- РНК или белок). Посттрансляционные модификации увеличивают разнообразие белков в клетке.
Известно очень много вариантов посттрансляционных модификаций белков. Одной из наиболее частых модификаций является гликозилирование (присоединение остатков сахаров к органическим молекулам. Белки после гликозилирования становятся гликопротеинами).
...
На этом всё. Панамка готова и находится в полном вашем распоряжении.
Нуклеиновые кислоты (от лат. Nucleus- ядро)- высокомолекулярные органические соединения, биополимеры (полинуклеотиды), присутствующие во всех живых организмах и выполняющие важнейшие функции по хранению, передаче и реализации наследственной информации.
В состав нуклеотидов входят: остаток фосфорной кислоты (фосфат- PO4), присоединённый по 5'-положению к моносахариду (дезоксирибоза или рибоза), к которому также через гликозидную связь (C-N) по 1'-положению присоединено одно из пяти азотистых оснований (гетероциклические производные пурина или пиримидина). Моносахариды и азотистые основания вместе образуют нуклеозиды.
Моносахарид нуклеотида дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК)- дезоксирибоза (C5H10O4). Азотистые основания ДНК: аденин (A) (производное пурина с формулой C5H5N5), гуанин (G) (производное пурина с формулой C5H5N5O), тимин (T) (производное пиримидина с формулой C5H6N2O2), цитозин (C) (производное пиримидина с формулой C4H5N3O).
Моносахаридом нуклеотида рибонуклеиновой кислоты (РНК) является рибоза (C5H10O5). В РНК тимин заменяется на урацил (U) (производное пиримидина с формулой C4H4N2O2). Также в РНК есть очень много модифицированных оснований и сахаров, например, 2'-O-метилрибоза (наиболее часто встречающийся сахар) и псевдоуридин (наиболее часто встречающийся нуклеозид).
Различают четыре уровня организации нуклеиновых кислот.
Первичная структура- цепочка нуклеотидов, соединённых с помощью фосфодиэфирной связи (через остаток фосфорной кислоты). Вторичная структура- две цепи нуклеотидов, комплементарно соединённые водородными связями по принципу "голова-хвост" (3' к 5') (аденин соединяется только с тимином или урацилом, образуя две водородные связи; гуанин соединяется только цитозином или урацилом, образуя три водородные связи). Третичная структура- двойной винт, образующийся за счёт радикалов азотистых оснований (создаются дополнительные водородные связи). Четвертичная структура- это нуклеосомы, нити хроматина, рибонуклеопротеиды и многое другое...
ДНК чаще всего существует в виде двойного винта (третичная структура), в отличие от РНК, которая чаще представлена первичной структурой (но совсем не ограничивается ей!).
На этом пока всё.
...
Надеюсь, что это будет хоть кому-то интересно...
Ну, теперь вы знаете, что ДНК и РНК имеют конкретный состав.